Članstvo v Sindikatu železniškega transporta Slovenije je glede na delodajalca, kraj in področje dela razdeljeno na sindikalne enote in območne organizacije, ki so organizirane in delujejo tako, da po posameznih območjih zagotavljajo teritorialno in funkcionalno pokritost delovanja sindikata. Dve ali več območnih organizacij se glede na vrsto dejavnosti, v kateri deluje članstvo, združuje v sindikalne enote in sicer SE SŽ, SE DARS in SE SŽ-ŽIP. Območne organizacije z več kot 20 člani vodijo območni odbori. Območni odbori (OO) med drugim skrbijo za izvajanje usmeritev sindikata, obveščajo članstvo o svojem delovanju, sprejemajo predloge za izboljšanje sindikalnega delovanja in kot najpomembnejše nudijo pomoč članom pri uveljavljanju njihovih sindikalnih pravic, pravic iz delovnega razmerja ter pokojninskega in invalidskega zavarovanja.
Pretežni del članstva Sindikata železniškega transporta Slovenije prihaja iz povezanih družb, ki sestavljajo Skupino Slovenske železnice. Člani so tako zaposleni v hčerinskih in odvisnih družbah: SŽ, d.o.o., SŽ-Tovorni promet, d.o.o., SŽ-Potniški promet, d.o.o., SŽ-Infrastruktura, d.o.o., Fersped, d.o.o. in SŽ-ŽIP, storitve, d.o.o., ter člani zaposleni v podjetju Dars, d.d.
SE SŽ sestavlja enajst območnih odborov: OO Ljubljana, OO Maribor, OO Koper, OO Dobova, OO Celje, OO Tehničnih in drugih strokovnih služb, OO Sežana, OO Kontejnerski terminal, OO Nova Gorica, OO Zalog in OO Fersped.
SE DARS sestavljajo trije območni odbori: OO DARS Ljubljana in Tepanje, OO DARS Postojna in OO DARS Vzdrževanje.
SE SŽ-ŽIP pa sestavlja šest območnih odborov: OO ŽIP Ljubljana, OO ŽIP Maribor, OO ŽIP EKO, OO ŽIP Uprava, OO ŽIP Postojna in OO ŽIP Celje.